测序
低成本、高效率的库--->文库制备
Echo移液器可针对包括Sanger和下一代测序(NGS)等在内的许多测序方法实现低微升级的库--->文库制备，显著降低试剂成本，节省样品并减少操作步骤，从而共同促进提升库--->文库质量。
将反应体积减少75%或更多
在调整NGS测序项目时，样品制备成本是一个限制因素。Echo移液器创造了一个机会来有信心地进行调整。通过将Echo移液器的微量声波转移能力与Illumina的Nextera XT库制备套件相结合，研究人员能够显著增加所生成的库数量。不论是将Nextera XT套件用于扩增子、质粒，还是小型基因组测序，Echo系统都能将反应体积减少75%或更多。使用来自NuGEN、NEB和其他机构的简单制备套件可实现同样的优势。
以更高的精准度和更短的时间对测序库进行池化
Echo移液器能够对来自微孔板任意微孔中的寡核苷酸或DNA库进行池化和标准化。每个微孔的平均移液时间不超过几秒钟。与传统移液器相比，Echo移液器可将池化时间缩短80%多。由于Echo系统的转移量可低至2.5纳升，因此转移之前不必对高浓度库进行稀释。这种能力促使可同时进行标准化和池化。此外，通过避免使用枪头的样品稀释，消除了因枪头上残留样品所导致的误差。这可显著提升被池化的所有库的浓度精准度。
移液方法比较
| 手动移液 | Echo® 移液器 | |
| DNA量 | 50ng | 0.06 - 2.0 ng |
| DNA体积 (Rxn) | 25µL | 200 nL |
| Tagmentation试剂体积 (Rxn) | 25 µL | 300 nL |
| 总体积 | 50 µL | 0.5 µL |
| 每个试剂盒的反应次数 | 96 | 9600 |
| 单次反应成本 | $72.91 | $0.73 |
主要优势
- 通过有效的实验小型化来降低操作成本
- 改善数据质量且实验体积低至250 nL
- Elimination of cross contamination
- 避免交叉污染
Nextera XT NGS Library Prep
Genomic Reagents Portfolio
Our reagents are powered by Solid Phase Reversible Immobilization or SPRI technology, which uses SPRI paramagnetic beads to selectively bind nucleic acids by size. It’s ideal for nucleic acid extraction from cells, tissue, blood and even challenging formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples.
* Low-cost, high-throughput sequencing of DNA assemblies using a highly multiplexed Nextera process. Shapland et al. ACS Synth. Biol., 2015
Video: Echo Liquid Handling for Next-Gen Sequencing
Helpful Publications
Nature: Isolation and characterization of novel mutations in the pSC101 origin that increase copy numberBMC Genomics: Fluorescent amplification for next generation sequencing (FA-NGS) library preparation
