用于DNA 纯化和片段筛选的 SPRI 磁珠与样品体积比

磁珠比例在确定不同长度核酸片段的结合率方面，扮演至关重要的作用。一般而言， 随着磁珠与样品体积比例增加，磁珠结合更小片段的效率增加，结合更大片段的效率降低。为优化磁珠与核酸结合的性能，以获得最佳结果，需仔细斟酌您的实验方案中所使用的磁珠比例。

用于 DNA 纯化的 AMPure 磁珠比例

AMPure XP 试剂采用SPRI（固相可逆法固定化）技术, 适用于 PCR 纯化和下一代测序（NGS）纯化应用。该试剂可确保100 bp以上扩增子的高回收率，并有效去除 dNTP、引物、引物二聚体、盐离子和其他杂质。

在DNA纯化应用中，AMPure XP试剂推荐的磁珠比例为1.8. 该值表示所需的AMPure XP磁珠体积与待测DNA样品的体积比。如需确定每次反应时所需的AMPure XP试剂体积，请将待测DNA样品的体积乘以1.8：

更改 AMPure XP磁珠比例将影响起始样品中DNA片段的长度范围（图1）。虽然一些供应商已开发出使用AMPure XP试剂进行DNA片段筛选的方案，但我们更推荐采用 SPRIselect 试剂 进行片段筛选，以获取精确结果。因为SPRIselect已针对精准片段筛选而优化。

通过对不同纯化试剂迹线的比较，我们发现仅AMPure XP试剂能够保持 高回收率 的同时，还能提供可预测的性能 ，迹线中参比与1.8X比例之间的相对差异也印证了这一点。

阅读 AMPure XP 试剂纯化实验方案  了解 SPRIselect 和 AMPure XP 试剂间的区别

用于 DNA 片段筛选的 SPRIselect 磁珠比例

在DNA片段筛选过程中，SPRIselect试剂 为用户提供了增强的灵活性和控制能力。鉴于DNA片段大小直接影响测序结果，因此该试剂广泛适用于NGS片段文库制备。

SPRIselect试剂赋能科学家轻松实现各种类型的片段筛选：

• 左侧片段筛选: 该方法去除小于目标大小的DNA片段，以筛选较大片段。
• 右侧片段筛选:相反，该方法去除比目标大小更长的DNA片段，以选择较小片段。
• 双侧片段筛选: 这种方法涉及特定范围内的DNA片段筛选，确保它们介于最小和最大片段大小之间（不小于150 bp且不大于800 bp）。

DNA片段筛选方案中使用的磁珠比例，取决于筛选侧和筛选点：

图 2. Agilent High Sensitivity DNA Chip电泳图: (左) 左侧片段筛选， (右) 右侧片段筛选。筛选条件： M= 高灵敏度 DNA 芯片的上下标记。 剪切力 = 1 μL of 20 ng/μL 起始对照样品的水溶液。1.2x 至 0.4x = 1 μL 剪切力，使用给定的 SPRIselect 试剂体积与样品体积比筛选片段。

要了解有关双侧筛选方案中使用的磁珠比例的更多信息，请参阅 SPRIselect 用户指南。

阅读 SPRIselect 方案  下载 SPRIselect 用户指南 ↓

不同试剂盒及其所使用磁珠比例的影响

需注意，并非所有磁珠纯化试剂均使用1.8x磁珠比例。如图3所示，在不同制造商的12种不同的纯化试剂盒中，仅有AMPure XP和SPRIselect试剂等5种试剂建议采用1.8x磁珠比例进行纯化。

图 3. 不同制造商纯化试剂中使用的磁珠比例比较。红色竖条对应于 AMPure XP 和 SPRIselect 试剂。

如果您正考虑改用其他纯化试剂，则必须考虑潜在的负面影响，其中可能包括：

• 目标片段丢失: 不同的磁珠比例会影响特定DNA片段的结合和回收率。改用不同磁珠比例的试剂盒可能会导致您丢失特别感兴趣的片段，从而影响后续研究。
• 重新计算磁珠比例: 随着新纯化试剂的采用，需根据厂商说明书提供的具体建议重新计算磁珠比例。
• 重写实验方案: 以往在其实验方案中使用标准1.8倍磁珠比的实验室，则需更新和修改其实验方案，以反映与新纯化试剂相关的特定磁珠比例。

未找到您需要的信息？ 请咨询我们的 SPRI 磁珠专家。.