SPRIselect核酸片段筛选试剂

应用领域: DNA特定片段筛选、PCR产物纯化和NGS文库纯化

超40款知名NGS建库试剂盒推荐使用的SPRIselect试剂,可灵活掌控DNA片段大小筛选过程,不同批次间片筛差异最小。此外,SPRIselect试剂可在室温下保持性能稳定。

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概述

基于磁珠的SPRIselect核酸片段筛选试剂,助力科学家在NGS建库过程中轻松掌控核酸片段筛选步骤,从而为下游应用生成高质量的测序数据。SPRIselect试剂盒基于 SPRI 的磁珠专利技术,使用顺磁性磁珠,选择性的结合特定类型和大小的核酸片段。

DNA片段筛选范围可自由选择

150 至 800 bp可调筛选范围,轻松调整片段大小以用于特定应用和测序仪

无需割胶、芯片或特殊仪器

确保不同运行和试剂批次间高度可预测性和一致性

SPRIselect试剂简化的工作流程和自动化功能,使片段筛选过程更加简化,不易出错,确保获得更快、更可靠的测序结果。

规格

起始核酸 片段化DNA、PCR产物
输出 片段大小已筛选的DNA
片段筛选范围 150–800 bp
Bead Ratio 特定片段筛选:取决于选择点,纯化:1.8X了解更多 →
规格 液体
体积 5 mL, 60 mL, or 450 mL
应用领域 DNA特定片段筛选、PCR产物纯化和NGS文库纯化
处理模式 自动化或手动
技术 基于SPRI顺磁珠技术
存储 室温

数据与性能

采用SPRISelect试剂对来自大肠杆菌的剪切gDNA进行两种不同的片段筛选。每个片段选择执行三次。结果显示,三个平行样品均显示出非常一致的片段筛选能力。(左)左侧片段筛选,磁珠与样本结合比率为0.5X。(右)右侧片段筛选,磁珠与样本结合比率为0.5X。DNA片段大小经 Agilent 2100 Bioanalyzer high sensitivity chip测量。峰43和115为内部标记。

SPRIselect 磁珠 —— 左侧 DNA片段大小筛选性能

SPRIselect 磁珠 —— 右侧 DNA片段大小筛选性能

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工作流程与实验方案

SPRIselect 左侧片段筛选工作流程

SPRIselect 左侧片段筛选工作流程
  1. 将DNA与磁珠结合
  2. 将磁珠与杂质分离
  3. 用85%乙醇清洗磁珠,去除杂质
  4. 将DNA从磁珠中洗脱
  5. 转移至新板

SPRI选择右侧片段筛选工作流程

  1. 将DNA与磁珠结合
  2. 将上清液转移至新板
  3. 将DNA与磁珠结合
  4. 将磁珠与杂质分离
  5. 用85%乙醇清洗磁珠,去除杂质
  6. 将DNA从磁珠中洗脱
  7. 转移至存储板

基于磁珠的SPRIselect 核酸筛选试剂支持手动操作,也可搭配 液体处理系统 实现自动化操作,具体取决于实验运行批次大小或总通量。

在右侧表格中,您可以查看使用 SPRIselect 试剂在 Biomek i7 Hybrid工作站上,运行 8、24、48 和 96 批次 DNA 片段筛选预估的手动操作时间和总时间(以分钟计)。

了解有关在 Biomek i-Series工作站上实现DNA 片段筛选自动化操作的更多信息,请阅读我们的应用说明。

阅读应用说明

手动工作流程 自动化工作流程
运行批次大小 8 手工处理时间 10 10
总时间 20 40
24 手工处理时间 15 10
总时间 25 42
48 手工处理时间 NR 15
总时间 NR 51
96 手工处理时间 NR 15
总时间 NR 60

NR=不推荐

资源

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数据表

 

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应用指南

 

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常见问题

主要区别在于两者的预期用途不同。SPRIselect试剂经设计和验证,可在不同实验批次间实现准确、一致的DNA片段筛选,而AMPure XP试剂主要适用于PCR产物纯化、NGS文库纯化等应用。点击此处阅读有关两者之间区别的更多信息。

我们无法保证试剂经解冻后,其适用性或稳定性适用于所有应用。

不会。任何带至最终目标板的磁珠在下游酶促反应中均表现为惰性,因此不会影响后续实验。

我们建议最小洗脱体积为 40 μL。当磁珠在洗脱缓冲液中时,应将其完全浸没,否则将洗脱液转移至另一板时,可能会出现磁珠残留或导致低产量。在多数 96 孔 PCR 板中,浸没磁珠需40 μL洗脱液。第三方实验室耗材和磁力板的某些组合可能支持较低的洗脱体积。

SPRIselect磁珠采用的超顺磁珠依靠多因素平衡化学技术完成核酸结合、洗涤和洗脱步骤。结合缓冲液组分步骤有助于核酸固定在磁珠表面富含官能团的结合位点,洗涤步骤在溶解并去除污染物的同时,保持微妙平衡。洗脱步骤则会破坏这种平衡并重新溶解核酸,使其与磁珠分离。
了解更多 →

回收率根据选定的片段筛选范围而有所不同,且在很大程度上取决于起始样品。总体而言,随着特异性的增加(以及所选片段大小范围的缩小),回收率也会随之降低。

点击此处查找贝克曼库尔特生命科学 SPRIselect 技术文档。

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引用文献

SPRIselect reagents have been cited in over 3,000 publications on Google Scholar and referenced in articles in Science, Nature, and PNAS. Here are three featured articles:

Size Selection of Libraries
Greenwald WW et al. Subtle changes in chromatin loop contact propensity are associated with differential gene regulation and expression. Nat Commun. 2019 Mar 5;10(1):1054. doi: 10.1038/s41467-019-08940-5.
Used on cDNA Libraries
Kubo M et al. Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation. Nucleic Acids Res. 2019 May 21;47(9):4539-4553. doi: 10.1093/nar/gkz181.
Used on ChIP-seq Libraries
Behera V et al. Interrogating Histone Acetylation and BRD4 as Mitotic Bookmarks of Transcription. Cell Rep . 2019 Apr 9;27(2):400-415.e5. doi: 10.1016/j.celrep.2019.03.057.

技术文件

TechDocs.MoreResultsMessage 此处。

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