多组学

什么是多组学?

多组学,也称为集成组学和泛组学,是一种综合运用两种或多种组学技术的研究方法。该方法通过整合并关联分析来自多个组学领域的广泛数据,赋能研究人员深度解析不同生物分子间的相互作用和相互影响,以全面揭示细胞功能、疾病机制和潜在的治疗靶点。

Multi-omics approaches

图片来源: Roychowdhury R. et al.. Multi-Omics Pipeline and Omics-Integration Approach to Decipher Plant’s Abiotic Stress Tolerance Responses. Genes 2023, 14(6), 1281; doi: 10.3390/genes14061281, https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/,原始图片,未经更改。

四大组学

分子生物学中的四大组学基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学 —构成了多组学研究的基础框架,反映了细胞内信息传递的中心法则:DNA 通过转录将遗传信息传递给 RNA,RNA 经翻译后修饰形成功能蛋白质,最终通过蛋白质功能调控代谢过程。

贝克曼库尔特生命科学公司为四大组学研究领域提供全流程解决方案:其中, 自动化液体处理平台 和基因组试剂 的组合应用,大幅简化了样品制备的复杂流程,如核酸提取、文库制备、蛋白质消化及代谢物处理等。这种自动化优势不仅提升了实验的重现性,还显著提升了实验通量,并有效降低了错误风险,为下游分析及多组学的成功整合奠定了坚实的基础。

多组学技术的进步

各组学领域分析技术的快速发展,为多组学工作流程的研究带来了全新突破。新一代测序(NGS)技术的发展以及纯化和 NGS 文库制备技术的自动化,共同推动了基因组学与转录组学研究领域的革命性变革。这些进步不仅大幅简化了数据的标准化采集流程,还强化了整合分析能力,显著提升了工作效率与数据准确性。

同样,随着质谱技术的进步,研究人员能够以更快的速度和前所未有的探索深度收集研究数据,从而在代谢组学和蛋白质组学研究中取得突破性发现。为进一步提升质谱技术的数据收集效率,研究人员正致力于通过自动化平台加速样品制备流程,并提高实验通量。

分析领域的快速发展往往伴随着对样品制备自动化技术的迫切需求,且这种需求还进一步延伸至其他工作流程及下游应用中,如酶联免疫吸附测定法(ELISA)、动力学研究、剂量依赖性探究乃至药代动力学分析等领域。

多组学领域 关键技术
基因组学
  • PCR、qPCR、分子克隆、基因组编辑
  • Sanger 测序、下一代测序(NGS)、全基因组测序(WGS)、外显子组测序
  • 微阵列、荧光原位杂交(FISH)
转录组学
  • RT-PCR、RT-qPCR、微阵列芯片、SAGE/CAGE
  • RNA 测序(RNA-Seq)、单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)
  • 空间转录组学
蛋白质组学
  • 无细胞蛋白合成或表达(CFPE)
  • 酶联免疫吸附测定法ELISA
  • 质谱法(MS)、液相色谱-质谱法(LC-MS)
  • 毛细管电泳、Western 印迹
  • 核磁共振(NMR)波谱,X 射线晶体学,电子显微镜
代谢组学
  • MS、LC-MS、气相色谱-质谱法(GC-MS)、毛细管电泳-质谱法(CE-MS)
  • 核磁共振(NMR)

多组学研究的新兴趋势和未来发展方向

随着单细胞组学和空间组学工作流程研究的不断深入,多组学技术正被整合应用于这两大领域,以更全面地解析所有生物大分子及其动态变化。这一趋势也推动了单细胞多组学和空间多组学成为研究热点。

单细胞多组学

单细胞组学技术通过深入解析基因表达谱与代谢产物之间的关联,揭示了细胞化学变化对细胞形态和细胞命运的影响,并阐明细胞间的异质性特征。该技术主要应用于免疫学、肿瘤学和发育生物学等研究领域。

目前,单细胞层面生物学研究主要依托以下技术:基于微流控技术制备单细胞-微球复合体实现转录组标记的转录组解析;采用组合 DNA 标签策略的单细胞基因组分析,以及利用抗体探针捕获细胞表面蛋白质组信息的表面蛋白质组检测。新兴技术则进一步实现对蛋白质组异质性的多维解析:包括单蛋白标记定位、翻译后修饰定量分析,以及蛋白质在胞外刺激下的亚细胞定位实时记录。

Analysing single stem cells

空间多组学

作为一项快速发展的研究领域,空间多组学旨在保留组织切片完整空间结构的前提下,对特定细胞类型进行原位标记,并提取其 DNA 或 RNA,以解析基因组和转录组在的空间分布特征。该技术还可表征表观基因组修饰,并结合组织学标记与成像技术获取蛋白质组学数据。进一步整合质谱分析、多模态成像与表达谱数据,还可实现对细胞动态变化的时空维度解析。

参考文献

  1. Roychowdhury R. et al.. Multi-Omics Pipeline and Omics-Integration Approach to Decipher Plant’s Abiotic Stress Tolerance Responses. Genes 2023, 14(6), 1281; doi: 10.3390/genes14061281. This article is an open access article distributed under the terms and conditions of the Creative Commons Attribution (CC BY) license: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. The image was not altered.